Maconomy har sitt ursprung i PPU Software A/S som grundades 1983 av Per Tejs Knudsen, Philip Dam och Ulrik Jørring.
Under 1984-1989 arbetade de tre entreprenörerna passionerat i utvecklingen av den teknologi som lade grund för kommande tillväxt. PPU Software A/S utvecklade och marknadsförde en affärsprogramvara för Hewlett-Packard HP3000 minicomputer. 1989 samlades alla aktiviteter i dotterbolaget PPU Maconomy A/S, med Per Tejs Knudsen som CEO i spetsen.
Under 1990-talet utvecklade företaget stöd för internet utan att för den skull behöva ändra arkitekturen. 1998 lanserade Maconomy sina första Internetbaserade lösningar: en webbhandelslösning och en Javabaserad klient för tidregistrering.
I ljuset av bibehållen tillväxt i marknadssegmentet valde Maconomy att börsnoteras år 2000. Trots stark turbulens på den internationella aktiemarknaden kunde Maconomy genomföra noteringen, vilket gav grund för fortsatt tillväxt för företaget.
I juni 2002 tog Bent Larsen, då styrelseordförande sedan tio år, över som VD. En strategi för långsiktig tillväxt tillkännagavs.
I juni 2005 rekryterades Hugo Dorph som ny CEO i Maconomy. Hans huvudmål var att starta en ny era av tillväxt. Efter en betydande tillväxt under 2006 – 2008 tillkännagav Hugo Dorph och styrelsen en treårsplan som skall ta Maconomy till europeiskt ledarskap som ERP leverantör för projektorienterade företag och organisationer.